Nel ventunesimo secolo, l'umanità scopre alcune testimonianze di tecnologia aliena sulla Luna, che sono di fatto i resti degli eventi di Eternal Story. I governi terrestri partendo da quei reperti, sviluppano nuove armi e nuove tecnologie, incluse forme di vita artificiali. Tuttavia queste nuove tecnologie provocano forti guerre e la distruzione totale del pianeta, ed i pochi sopravvissuti devono vedersela con i risorti paranoids, adesso conosciuti come NME, pseudonimo di "Enemy".
